Прошло три десятилетия после того, как Третья мировая и ядерные удары стерли с лица земли столицу Японии. На её пепелище вырос Нью-Токио. Город сияет неоном, но это лишь фасад. Реальность — жёсткий режим, похожий на старые фашистские диктатуры. Любой намёк на неповиновение давится мгновенно и безжалостно.
В секретных лабораториях, скрытых от глаз, идут иные войны. Учёные, подчиняясь приказам, ставят опыты над человеческой психикой. Цель — создать оружие, использующее саму природу мысли. Во главе этого мрачного проекта стоит полковник Сикисима. Его амбиции и методы всё чаще приводят к столкновениям с официальными властями, сея раздор в верхах.
А на улицах, в подполье, зреет иная сила. Растёт вера в пришествие сверхсущества — Акиры. Его последователи верят, что только он, пробудившись, способен вывести страну из тупика, разрешив все её мучительные противоречия. Эта вера становится тлеющим фитилём в пороховой бочке нового Токио.